Ospita collezioni che illustrano la storia geologica della Sicilia, testimonianze della prima presenza umana in Sicilia ed in particolare i resti fossili di "Thea", donna vissuta nel Paleolitico superiore. Notevoli sono i minerali ed in particolare i grandi cristalli.
La sala degli elefanti ospita reperti di elefanti nani che popolarono la Sicilia durante il Pleistocene. In evidenza un esemplare completo di Elephas mnaidriensis.